あ〜、私のおっちょこちょいでした！ macOS Sierra 10.12.2、NTTコミュニケーションズ 接触型ICカードリーダー・ライター e-Tax Win&Mac対応 SCR3310-NTTComの組み合わせで、無事マイナポータルを利用することが出来ました。
まずは結論として、macOS Sierraでもドライバソフトのインストールは必要でした。公式サイトの「SCR3310-NTTComの主な仕様/ダウンロード」より、「5.ICカードリーダライタ・ドライバMacOS X v10.11用」と「6.インストールマニュアル（MacOS X v10.11対応）」を取ってきて、インストールしたあと、Macを再起動します。
それからマイナポータル環境設定プログラムを再インストールします。続いて、Safariのプラグイン設定が、下記のようになっていれば完了です！ optionキーを押しながら、ポップアップメニューをクリックして下さいね♪
これで、わざわざParallels Desktopを立ち上げて、Windowsでマイナポータルにつながなくてすみますね。ちょっとホッとしました！